El Ministerio de Salud Pública lidera el Programa de Municipios Saludables, que propicia la atención de aspectos que tienen alta incidencia en la salud de la población y que son de competencia municipal, como calidad del agua, alcantarillado, depuración de aguas residuales, manejo de desechos sólidos, áreas verdes y recreación, control de calidad de aire, espacios seguros, transporte seguro.

Este programa tiene cuatro líneas de acción: promover la certificación de municipalidades; brindar asesoría y apoyo en temas de salud; canalizar recursos técnicos, en coordinación con otras entidades; e impulsar mecanismos de participación ciudadana.

El programa inició en el año 2016 y cuenta con el apoyo de la Organización Panamericana de la Salud (OPS). Tiene como referentes la experiencia de Canadá y de algunos países de América Latina y El Caribe. Al momento 45 Municipios se han adherido al programa. En mayo de 2017 se unirán 8 municipios más.

Este programa responde a la lógica de la prevención y promoción, en la cual el MSP ha puesto grandes esfuerzos, a través de otras iniciativas como el etiquetado de alimentos (semáforo nutricional), el control de alimentos que se expenden en los bares escolares, la ampliación del esquema de vacunación (se ha pasado de 11 a 18 vacunas) y la formación e incorporación de cerca de 1.500 técnicos de atención primaria de salud, por mencionar algunos ejemplos.